比较转录组测序-经典案例-威尼·至尊国际(中国)

比较转录组测序

Transcriptome sequencing of Crucihimalaya himalaica (Brassicaceae) reveals how
Arabidopsis close relative adapt to the Qinghai-Tibet Plateau

期刊：Scientific reports
影响因子：5.578
发表单位：云南大学、中国科研实验室、中国科研实验室大学、复旦大学、东卡罗来纳州立大学
发表时间：2016年2月

一、研究背景

青藏高原的极端环境使其成为研究植物适应进化机制的理想场地。须弥芥分布于青藏高原地区，是拟南芥的近缘物种，是研究物种形成和生态适应性的理想材料。本研究顺利获得转录组测序，鉴定出了49,438个须弥芥基因，并与5个近缘种比较，揭示了须弥芥适应青藏高原环境的复杂机制。

二、方法流程

取材

建库

测序

分析

分别选取发育15d和30d的须弥芥叶、茎、根混样进行转录组测序，每组2个重复。

TRIzol提取各样本的total RNA，构建真核普通转录组文库。

Illumina HiSeq 2500

De novo组装、转录本注释、同源基因鉴定、正向选择分析

三、研究结果

1. 须弥芥基因注释
对鉴定出的unigene进行比对注释，共有39,189 (79.26%)个unigene得到了注释，亲缘关系最近的三个的物种是荠菜、琴叶拟南芥、拟南芥。
2. Orthogroups鉴定与选择分析
本研究共鉴定出了22,572个Orthogroups，包含 152,769个基因。其中10,487(46.46%)个 Orthogroups在分析的6个物种中均存在。进化树分析表明须弥芥与荠菜亲缘关系最近，与各物种的 dN/dS均集中在0.1-0.2。
3.正向选择基因的功能分析
对须弥芥中正向选择基因（PSG）进行GO和KEGG 分析，发现这些基因在辐射响应、DNA修复、氮代谢、细胞稳态等方面显著富集，这些特性正是须弥芥适应青藏高原环境所必须的。