10x Visium 空间转录组-威尼·至尊国际(中国)-组织芯片免疫荧光原位空间多组学10X测序

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10x Visium 空间转录组

结合空间转录组和单细胞 RNA-seq 测序揭示胰腺导管腺癌的组织结构

Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas

发表期刊：Nature Biotechnology
影响因子：45.117
发表时间：2020年1月
研究方向：肿瘤

文章摘要

虽然应用单细胞转录组在治疗患者肿瘤过程中已经发现了多种细胞亚群，并突出了肿瘤微环境中细胞间的相互作用，但在测序前制备单细胞悬液的组织解离导致了组织中细胞空间信息的丢失，从而限制了我们对肿瘤微环境中细胞的相互作用和组织的理解。为分析决组织中细胞类型的空间组成，我们利用空间转录组测序技术去计算映射到该区域的特异性基因与由单细胞转录组数据计算的细胞类型特异性基因之间的重叠程度，推断出特定细胞类型在给定组织区域的富集。顺利获得对不同患者的原发性 PDAC 肿瘤的研究，我们确定了特定细胞类型和亚群在组织的空间受限区域的情况。应用这两种技术的结合可以去分析任何结构复杂的组织，并有潜力在生物领域给予有意义的新发现。

方案设计

作者分别取两名 PDAC 患者的2例新鲜 PDAC-A 和 B 肿瘤组织进行研究，同时进行scRNA-seq 和空间转录组建库测序分析。最后运用多模式相交分析（Multimodal intersection analysis，MIA），将单细胞转录组数据和空间转录组数据整合，进行 PDAC 组织的细胞类型分析，以及组织对应不同空间区域相关的细胞分布情况。